Thánh địa Cát Tiên được công nhận là Di tích lịch sử văn hoá cấp quốc gia từ năm 1997. Từ đó đến nay, tỉnh Lâm Đồng, Bộ Văn hóa - Thông tin và Viện Khoa học Xã hội Việt Nam đã đầu tư hơn 4 tỷ đồng để tiến hành các cuộc khai quật khảo cổ, làm mái che và hàng rào bảo vệ. Tuy nhiên, theo lời ông Huỳnh Văn Đẩu, phó chủ tịch Ủy ban Nhân dân huyện Cát Tiên bộc bạch, vườn quốc gia Cát Tiên nói chung và khu Thánh địa Cát Tiên nói riêng vẫn đang ngủ yên chờ được đánh thức để nơi đây trở thành một khu du lịch sinh thái và du lịch văn hóa tâm linh. Ông cũng bày tỏ bức xúc: "Di chỉ khảo cổ học Cát Tiên là tài sản hết sức quý giá về văn hóa, không chỉ của riêng Lâm Đồng. Thế nhưng, sau 8 lần tiến hành khai quật vẫn chưa có kết luận chính thức nào thuyết phục. Việc phục chế tái tạo toàn bộ hệ thống di tích, thánh địa, giữ gìn và bảo tồn những hiện vật đã phát hiện vẫn chưa được quan tâm đúng mức"[4]. Cùng nhận định như trên, tiến sĩ khảo cổ học Bùi Chí Hoàng cũng bức xúc: "Tầm vóc và giá trị khoa học của khu di tích Cát Tiên và thời gian đầu tư nghiên cứu nó là chưa tương thích"[1].

Những gì khai quật được mới là một phần rất nhỏ trong quần thể di tích này. Giá trị văn hóa và những bí ẩn đầy sức hấp dẫn của vùng đất thiêng này, theo giáo sư Trần Quốc Vượng, không kém gì khu thánh địa Mỹ Sơn[5]. Bằng cách nào để đọc được những thông điệp của người xưa để lại, để bảo tồn và phát huy tốt những giá trị to lớn khu di sản này, đó là điều được nhiều người quan tâm. Tại cuộc hội thảo về khu di tích khảo cổ học Cát Tiên tổ chức đầu tháng 3 năm 2001, các nhà khoa học đều khẳng định Nhà nước cần đầu tư cho công tác khai quật bởi lẽ ở dưới lòng đất đang còn rất nhiều điều bí ẩn cần được giải mã để có cái nhìn đầy đủ và sâu hơn cho một kết luận thật chính xác về khu thánh địa này, đặc biệt là những chứng cứ đủ thuyết phục về chủ nhân của nó. Tuy nhiên đến thời điểm khai quật lần thứ 8 năm 2006, giới khảo cổ lại tỏ ra thận trọng khi phát ngôn với báo giới về kết quả nghiên cứu cũng như hướng nghiên cứu, khảo sát thánh địa tương lai. Đồng thời họ cũng cho rằng do công tác bảo quản di vật hiện còn nhiều khó khăn, không nên tiếp tục khai quật mà, như ý kiến của tiến sĩ Phạm Quốc Quân Giám đốc Bảo tàng Lịch sử Việt Nam, trước mắt chỉ nên cố gắng tư liệu hóa một cách cao nhất những gì thu được[6].

Ngày 29 tháng 12 năm 2006, Sở Văn hóa Thông tin tỉnh Lâm Đồng cho biết Hội đồng di sản Quốc gia đã thông qua chương trình lập đề án quy hoạch Thánh địa Cát Tiên từ năm 2006 đến năm 2010 với tổng kinh phí đầu tư xây dựng khoảng 137 tỷ đồng[7]. Theo đề án, diện tích quy hoạch dự kiến sẽ rộng 100ha và vùng lõi sẽ nằm tại khu di chỉ xã Quảng Ngãi. Trong đó vùng lõi khu vực 1 rộng 28ha, khu vực 2 rộng 35ha, khu vực 3 rộng 43ha. Đồng thời Hội đồng di sản Quốc gia cũng tiến hành triển khai lập hồ sơ trình Chính phủ đề nghị UNESCO xét công nhận Di tích Cát Tiên là Di tích lịch sử văn hoá thế giới[8][9].

Trong một động thái nhằm thực hiện cuộc tổng quảng bá đầu tiên về giá trị bí ẩn của quần thể di tích khảo cổ học nổi tiếng này, tỉnh Lâm Đồng đã cho phép Bảo tàng Lâm Đồng đưa hiện vật khảo cổ của Thánh địa Cát Tiên ra khỏi tỉnh, trưng bày tại Hà Nội[9]. Cuộc quảng bá mang tên "Cổ vật Cát Tiên-dấu ấn của một di tích huyền thoại" được triển lãm trong vòng 8 tháng từ ngày 28 tháng 8 năm 2007 đến hết tháng 4 năm 2008 tại Bảo tàng Lịch sử Việt Nam.